公司消杀资质证书通常由市场监督管理部门或卫生行政部门负责办理。

市场监督管理部门主要负责企业的日常注册、运营监管以及各类商业活动的合法性审核。对于从事消杀行业的企业，需要进入当地市场监督管理部门的门户网站，按照规定流程提交《公共场所消杀服务资质证书申请表》及相关材料。这些材料可能包括身份证、营业执照、税务登记证、企业法人代表身份证等证明文件，以及能够证明企业具备消杀服务能力的其他材料。

卫生行政部门则负责制定和执行公共卫生标准，发放卫生许可证，确保消杀公司的服务符合卫生要求。卫生许可证是消杀公司从事相关业务时必须持有的法定证照，它证明了消杀公司具备提供安全、卫生的服务能力。持有卫生许可证的公司可以开展各种消杀活动。

总的来说，无论是市场监督管理部门还是卫生行政部门，它们都在各自的领域内发挥着重要的作用，确保消杀服务的质量和安全性。对于想要申请消杀资质证书的企业来说，了解并准备相关的材料和信息是至关重要的。