除虫灭鼠资质证书的办理过程大致如下：

准备基本资料：

企业法人营业执照原件及复印件。

企业特种作业人员名单、操作资格证书原件及复印件。

企业主要负责人、项目负责人和技术人员考核合格人员名单、考核合格证书复印件。

企业设置经营业务管理机构、配备专职技术管理人员的文件和技术服务组成人员明细表。

企业管理人员和作业人员年度培训计划、培训考核人员明细。

提交申请：

申请人应当向所在地县级以上农业部门或相关部门提交上述资料，并可能需要同时提交《农药经营（零售）许可证》和工商营业执照复印件（如果涉及农药使用）。

资格审查：

县级以上地方农业部门或相关部门会对申请人进行资格审查，包括检查提交的资料是否齐全、真实有效，以及是否符合相关法规和标准。

审核与发证：

经过审查合格后，相关部门会核发符合条件的除虫灭鼠资质证书。

注意事项：

办理过程中可能需要缴纳一定的费用，具体金额会根据不同地区和机构的要求而有所不同。

正规公司除了需要具备除虫灭鼠资质证书外，还可能需要有有害生物防治服务资质证书，以及确保工作人员经过培训后取得相关职业资格证书。

证书的办理周期一般为15个工作日左右，但可以根据需要与咨询公司协商缩短申办周期。

后续管理：

获得资质证书后，企业需要按照相关规定进行业务运营，并可能需要定期接受相关部门的监督检查。

如果需要办理其他业务或变更相关信息，可能需要重新办理报批手续。

请注意，以上信息仅供参考，具体办理流程和所需材料可能会因地区、机构以及政策变化而有所不同。建议在办理前咨询当地相关部门或机构，以获取最准确的信息和指导。同时，请确保所有操作符合相关法规和标准，以保障人员和环境的安全。